Een bestandssysteem is de wijze waarop data op een harde schijf is georganiseerd. Grofweg gesteld bestaat het uit twee aparte delen. Het ene deel is de verzameling van bestanden en de data die de individuele bestanden bevat. Het tweede deel bestaat uit de directorystructuur die de informatie organiseert en beschikbaar stelt over alle bestanden op het systeem.

Er zijn verschillende bestandssystemen. Voor Windows zijn de twee meest populaire NTFS en FAT32. Het File Allocation System (FAT) stamt uit de jaren "70 en begin jaren "80. Aanvankelijk was het ontwikkeld als bestandssysteem voor floppydisks met een opslagcapaciteit van minder dan 500KB. Daar kwam vervolgens FAT16 uit voort dat met grotere harde schijven tot 2GB kon omgaan (o.a. gebruikt in Windows 95). De behoefte aan grotere harde schijven leidde tot FAT32, dat partities en schijven tot 2TB (Terrabyte) ondersteunt. FAT32 werd gebruikt vanaf Windows 95 Second Edition.

Begin jaren "90 ontwikkelde Microsoft het New Technology File System om de kwaliteit, veiligheid en betrouwbaarheid van dataopslag in zijn besturingssystemen te vergroten. Aanvankelijk was NTFS terug te vinden op NT4 en Windows 2000 (Server) die vooral in een zakelijke omgeving worden gebruikt. Met de komst van Windows 2000 Professional en Windows XP kwam NTFS beschikbaar voor de thuisgebruiker.

Wat is beter FAT32 of NTFS?
NTFS heeft zeker een aantal voordelen op FAT32. NTFS beschikt ten eerste over betere beveiligingsmogelijkheden dan FAT32. Bij NTFS kan tot op bestandsniveau worden bepaald welke gebruiker een bestand mag lezen, schrijven en/of uitvoeren. Een ander voordeel is dat NTFS de mogelijkheid heeft voor bestandscompressie. FAT32 beschikt alleen over compressiemogelijkheden op schijf- of partitieniveau (volumeniveau). Door compressie nemen bestanden minder ruimte in beslag op je schijf of partitie. Het nadeel van compressie is echter dat je systeem er net iets trager van wordt.

NTFS is verder aanzienlijk minder foutgevoelig dan FAT32. Misschien herinner je je nog de scandisk die Windows 9X uitvoerende tijdens de herstart nadat Windows niet goed was afgesloten. Met NTFS is dat verleden tijd.

NTFS heeft ook de mogelijkheid voor bestandsencryptie (Encrypted File System of EFS). Door deze versleuteling is het voor indringers aanzienlijk moeilijker om het bestand te lezen of te kopiëren. Ook bij diefstal van je laptop bijvoorbeeld maak je het de dief moeilijker deze bestanden te lezen. Een waarschuwing bij encryptie van bestanden is hier wel op zijn plaats. Voor het toegankelijk maken van de geëncrypteerde file moet je wel beschikken over een unieke sleutel welke aan je account is gekoppeld. Het gevaar ligt op de loer dat je eigen bestanden ontoegankelijk maakt. De instellingen voor EFS vind je door op een bestand rechtermuisklik Eigenschappen Geavanceerd te kiezen.

NTFS is niet per definitie sneller dan FAT32. Algemeen wordt gesteld dat volumes die groter zijn dan 32MB NTFS efficiënter, dus sneller, is dan FAT32.